Zasady podatkowe dotyczące stypendiów są dość skomplikowane. W przypadku tych, które są zwolnione z podatku, nie pobiera się zaliczek podatkowych. Jednakże, nie oznacza to automatycznie, że instytucje wypłacające świadczenia są całkowicie zwolnione z obowiązków podatkowych.
Stypendia mogą pochodzić z dwóch różnych źródeł dochodu. Zgodnie z art. 13 pkt 2 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (zwanej dalej „ustawą o PIT”), przychody uzyskane z działalności wykonywanej osobiście obejmują przychody ze sportu, w tym również „stypendia sportowe przyznawane na podstawie odrębnych przepisów”. Przepisy te znajdują się w art. 5, 31 i 32–32c ustawy o sporcie. Wszystkie inne stypendia są klasyfikowane jako przychody z innych źródeł (art. 20 ust. 1 ustawy o PIT). Klasyfikacja stypendium do odpowiedniego źródła ma przede wszystkim znaczenie porządkowe – nie wpływa na zasady opodatkowania ani nie determinuje możliwości korzystania ze zwolnień podatkowych. Zasady dotyczące pobierania zaliczek od stypendiów podlegających opodatkowaniu nie są również uzależnione od klasyfikacji stypendium do odpowiedniego źródła przychodu.
Niektóre instytucje mają szczególne obowiązki jako płatnicy stypendiów. Jeżeli stypendium jest zwolnione z podatku, płatnik nie ma obowiązku pobierania zaliczki podatkowej ani przesyłania informacji podatkowej PIT-11. To stanowisko zostało potwierdzone w interpretacji dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 24 maja 2023 r. (nr 0113-KDIPT2-3.4011.206.2023.4.NM). W tej interpretacji stwierdzono, że „stypendium wypłacane przez Państwa w ramach specjalnego programu stypendialnego organizowanego przez Narodowe Centrum Nauki dla studentów i naukowców z Ukrainy, którzy uciekli lub uciekają do Polski przed agresją Rosji, korzysta ze zwolnienia, o którym mowa w art. 21 ust. 1 pkt 39f ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Dlatego Państwo, jako płatnik, nie ma obowiązku pobierania zaliczek na podatek dochodowy od tego stypendium ani wystawiania informacji PIT-11”.